Der Abschnitt 3 ist mit seinen ca. 15,1 Kilometern der längste Streckenabschnitt des Projekts Schienenanbindung der Festen Fehmarnbeltquerung und umfasst die Gemeinden Schashagen, Beschendorf, Manhagen, Lensahn und Damlos. Die Trasse verläuft zunächst etwa 1,1 Kilometer im Bereich der Bestandsstrecke, bevor sie anschließend als Neubau parallel zur Autobahn A1 weiterverläuft. Südlich von Oldenburg in Holstein werden die neuen Gleise dann wieder in die bestehende Strecke eingefädelt.
Im Abschnitt 3 entstehen neben einem neuen Haltepunkt in Lensahn 5 neue Straßenüberführungen, 7 neue Eisenbahnüberführungen und Lärmschutzwände auf insgesamt ca. 3,5 Kilometer.
Der Antrag auf Planfeststellung für diesen Abschnitt wurde beim Eisenbahn-Bundesamt gestellt. Die Unterlagen wurden an die Anhörungsbehörde, das schleswig-holsteinische Amt für Planfeststellung Verkehr, übersandt. Vom 28. Februar bis zum 27. März 2023 wurden die Unterlagen öffentlich ausgelegt. Die Frist zur Einwendung endete am 12. April 2023.
Der Abschnitt wird im Partnerschaftsmodell Schiene realisiert. Dabei wird das DB-Projektteam bereits in der Planungsphase mit allen relevanten Firmen (zum Beispiel Planungsbüros und Bauunternehmen) zusammen gebracht. Die partnerschaftliche Zusammenarbeit soll die terminliche Situation optimieren und für mehr Leistungs- und Innovationsfähigkeit sowie ein effizientes Bauen sorgen.